由于激光技术的发展，目前可供选择的激光器种类越来越多，我们可以根据实验需求（荧光素，染料）选择合适的激光，例如：488nm蓝色激光，640nm红色激光，355nm紫外激光，405nm紫色激光，561nm黄绿激光等。一般情况下，流式细胞仪都会标配488nm激光，用于激发最常用的荧光素或染料如FITC, PE，PI，GFP等。但随着PE系列荧光素的开发应用以及RFP系列荧光转染蛋白的应用，目前561nm的激光器在流式细胞仪特别是流式细胞分选仪应用越来越多，其主要特点有：
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561nm激光检测RFP系列红色荧光转染蛋白
荧光蛋白作为分子标签，在分析生物技术和细胞内分子示踪方面具有广泛的
应用. 尤其是在细胞分子影像的应用方面，可以通过融合蛋白技术，将荧光蛋白融合到细胞内的某个靶标蛋白上，以标记和分析靶标蛋白在细胞内的定位、分布和运动以及与其他细胞内分子的相互作用.
克隆于珊瑚的荧光蛋白具有荧光光谱多样性。既有绿色，也有黄色，且有各类红色。不同野生型的红色荧光蛋白经过一系列体外进化，得到各种不同发射波长的突变体。1999 年报道了第一个红色荧光蛋白 drFP583(DsRed)，其优点显而易见：可与 GFP 系列荧光蛋白共用，且激发和发射波长更长，细胞内成像背景低，因此迅速被关注. 短短数年，对红色荧光蛋白的一系列研究，极大地丰富了荧光蛋白的光谱多样性，为细胞内的多色标记提供了更多的荧光标记。
从RFP系列荧光蛋白的激发波长（Ex）来看，561nm是激发红色荧光蛋白的最佳波长激光器，并且与488nm和532nm同时比较灵敏度指数（Sensitivity Index），561nm激光器的灵敏度最高，如下图：
SI=（median fluorescent cells – median non-expressing cells)/(robust SD)
robust SD=(84 percentile non-expressing cells)/(median non-expressing cells).
因此流式细胞分选仪配置561nm激光可以检测RFP转染效果并且分选出高纯度的RFP阳性细胞。
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561nm激光可以更好的激发PE及PE系列染料，大大降低FITC与PE之间的补偿
PE和FITC是目前最常用的荧光素种类，通常用488nm蓝色激光激发。用561nm激光器激发PE，可极大提高PE、PE家族染料的检测灵敏度和分辨率，从而发现一些过去不能被发现的低表达细胞群体和特殊表面标志物。同时，用561nm激光激发PE，可大大减小PE与FITC的光谱重叠，免除荧光补偿调节的同时提高检测灵敏度和分辨率
使用488nm同时激发FITC和PE，需要进行补偿调节
A：使用488nm同时激发GFP和PE，需要进行补偿调节
B：使用488nm同时激发GFP和PE，基本无需补偿调节
使用488nm激发PE及PE系列荧光素
使用561nm激发PE及PE系列荧光素，灵敏度更高
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使用561nm激光也可激发APC系列荧光素
虽然通常用640nm的红色激光器激发，但使用高功率的561nm激光器（如100mW）也可以很好的检测APC和APC系列荧光素。